Станция открыта 15 апреля 1982 года в период сооружения железнодорожной магистрали Тюмень — Сургут — Новый Уренгой. Трудностей у первопроходцев было немало. В те годы трудового подъема и северной романтики потребовалось не только обустроить быт работников, вести станционное и железнодорожное строительство, но и выполнить колоссальные перевозки промышленных и народно-хозяйственных грузов. В начале 1980-х годов, когда укладка пути дошла до Фарафонтьевской, она стала базовой для развития газовых промыслов, города Новый Уренгой и многих социально-бытовых объектов.
Станция получила название в честь Фарафонтьева Александра Александровича, главного инженера Северной экспедиции Желдорпроекта МВД СССР и проекта магистрали Чум — Салехард — Игарка (конец 1940-х — начало 1950-х гг.). И это символизирует историческую связь времен и событий. Все, что было построено в период известной гигантской 501-й стройки, является памятником эпохи, памятником человеческому труду, а первый опыт работы изыскателей и проектировщиков в условиях вечной мерзлоты был использован при проектировании железнодорожных объектов Ямало-Ненецкого автономного округа.
В настоящее время по характеру работы станция грузовая, опорная для подачи-уборки вагонов на станцию Нартовая. Фарафонтьевскя — основная станция Ямальской железнодорожная компании по погрузке нефтеналивных грузов.
